燕山大学GPU集群用户手册

Appearance

集群软件综述 ​

2.1 系统介绍 ​

集群使用Debian12发行版，调度系统采用 SLURM。集群使用过程中只可登入login节点和作业所在的计算节点进行操作，作业的配置等预处理操作应在login节点完成，后提交至调度系统进行调度。计算节点系统环境通过nfs网络启动，完全一致。

2.2 系统存储结构 ​

集群使用登录节点搭载的磁盘构建集群的文件存储系统。

硬盘配额挂载点RAID类型用途
机械硬盘无限制/archiveRAID0用户作业数据目录，用户家目录
固态硬盘Soft27G，Hard30G/homeRAID5部分用户家目录

softlimit与hardlimit ​

softlimit 是指用户在使用资源时的软限制，当用户使用资源超过软限制时，会进入宽限期，宽限期内，用户仍可进行不超过hardlimit限制的写入操作，宽限期后，用户将无法进行写入操作。

hardlimit 是指用户在使用资源时的硬限制，当用户使用资源超过硬限制时，无论是否处于宽限期内，用户均无法进行写入操作，只能进行读取操作与删除操作。

注意事项 ​

  1. 如果用户磁盘配额需要提升磁盘配额，可联系管理员申请提升。

2.3 软件环境 ​

集群的计算节点预装了以下软件环境：

开发环境 ​

  • GCC编译器 版本：15.2 12.2 11.4
  • cuda 版本: 11.7 11.8 12.0 12.2
  • clang 版本：18.1.8
  • icc 版本：2025.2.1（通过source /opt/intel/setvars.sh加载）

注：上文提到的版本是可通过module加载的版本，其中cuda最高支持到12.9，用户可自行安装

作业调度系统 ​

  • SLURM作业调度器
  • SCOW可视化管理系统

module 常用命令 ​

  • 查看所有可用模块：module avail
  • 加载模块：module load <module_name>
  • 卸载模块：module unload <module_name>
  • 显示已加载模块：module list
  • 切换模块：module swap <old_module_name> <module_name>

2.4 软件安装指南 ​

以下教程仅做参考，同学们也可以询问AI来帮助自己安装软件，集群的CPU架构是x86_64（也称为amd64）

conda的安装 ​

Conda 是一个跨平台的开源包和环境管理工具，可管理 Python等语言的软件包和独立运行环境。 推荐大家安装Miniconda，Miniconda 是一个轻量级的 Conda 发行版，只包含 Conda 和 Python，不包含其他软件包，占用空间较小。

Anaconda的安装 ​

首先，通过wget命令下载Anaconda安装包：

bash
wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2025.06-0-Linux-x86_64.sh

然后，通过bash命令运行安装脚本：

bash
bash Anaconda3-2025.06-0-Linux-x86_64.sh

运行后，根据提示进行安装，第一步是按下ENTER查看协议，查看完成后输入yes并按下ENTER，第二步是选择安装路径，默认安装在用户家目录的anaconda3目录下，第三步是是否初始化conda，输入yes并按下ENTER。

Miniconda的安装 ​

首先，通过wget命令下载Miniconda安装包：

bash
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

剩下的所有步骤与Anaconda的安装步骤相同，只是安装路径不同，默认安装在用户家目录的miniconda3目录下。

pip换源 ​

pip是Python的包管理工具，默认源为国外源，为提升下载速度，可使用以下命令将源切换为国内源，命令以中科大源为例：

bash
pip config set global.index-url https://pypi.mirrors.ustc.edu.cn/simple

其余常用国内源：

pip安装和conda安装的区别 ​

pip只管理Python的软件包，较为轻量，而conda支持多语言管理，其依赖管理和环境隔离功能更加强大，但体积较大。

linuxbrew的安装及使用 ​

下面介绍一种在用户空间下进行软件安装的方法，即linuxbrew。 linuxbrew允许用户在自己的用户目录下安装软件，而不需要sudo权限。

安装linuxbrew ​

集群默认不提供linuxbrew，需用户手动安装，但因用户无sudo权限，故需在用户目录下安装，以下是安装命令：

bash
mkdir homebrew && curl -L https://github.com/Homebrew/brew/tarball/main | tar xz --strip-components 1 -C homebrew #创建homebrew目录并下载源码
eval "$(homebrew/bin/brew shellenv)" #将homebrew添加到环境变量
brew update --force --quiet #更新homebrew
chmod -R go-w "$(brew --prefix)/share/zsh" #递归设置zsh目录为只读
echo 'eval "$(homebrew/bin/brew shellenv)"' >> ~/.bashrc #将homebrew添加到bashrc

请注意：homebrew官方对用户空间的软件安装不提供支持，若出现问题，建议联系管理员或借助AI工具解决。

使用linuxbrew安装软件 ​

安装完成后，即可使用linuxbrew安装软件，以下是常用命令：

bash
# ========== 搜索软件 ==========
# 搜索包含关键词的软件包
brew search python
brew search gcc

# ========== 查看软件信息 ==========
# 查看软件详细信息
brew info python
brew info git

# ========== 安装软件 ==========
# 安装指定软件
brew install python
brew install git
brew install cmake

# ========== 升级软件 ==========
# 升级单个软件
brew upgrade python

# 升级所有已安装的软件
brew upgrade

# ========== 卸载软件 ==========
# 卸载指定软件
brew uninstall python
brew uninstall git

# ========== 查看已安装的软件 ==========
# 列出所有已安装的软件
brew list

# 查看特定软件是否已安装
brew list | grep python

# ========== 更新和维护 ==========
# 更新 brew 自身和软件索引
brew update

# 检查环境与问题
brew doctor

# 查看配置信息
brew config

# 清理旧版本文件
brew cleanup